馬耳他屬申根協議國，其簽證主要分為外交、商務、旅游、學習、探親訪友、工作和結婚簽證等。除馬耳他在北京和上海的兩處簽證申請中心外，自2017年9月起，沈陽、西安、濟南、武漢、長沙、成都、重慶、昆明、南京、杭州、廣州、深圳、福州馬耳他簽證申請中心均已由馬耳他駐華大使館授權，正式受理持有普通護照的申請人各種類型的簽證申請、代收簽證費用，并提供護照返還的服務。具體聯系方式及申請材料，請參閱馬耳他簽證申請中心網站：https://visa.vfsglobal.com/chn/zh/mlt­

根據中馬雙邊協議，持有效外交、公務護照(不含公務普通護照)的中國公民，可從馬耳他免簽入境、過境或出境，停留不超過30天。如需經歐盟申根區其他國家轉機來馬或離馬，請提前辦妥有關國家過境或入出境申根簽證。根據中歐雙邊協定，持有效外交護照的中國公民，可免簽從歐盟申根區任一成員國入出境或過境，在歐盟申根區每180天內停留不超過90天。持香港或澳門特區護照者可免簽入境馬耳他并停留不超過90天。

自非申根區入境馬耳他時，中國公民應當選擇“其他護照通道”（Other Passports）辦理入境手續，備好有效護照、簽證、以及與入境有關的文件證明，以便邊境移民官員查驗。如遇困難，可向移民官當面表達意見，同時要求與中國使館聯系。自申根區入境馬耳他無需辦理入境手續。

如馬耳他為中國公民離開歐盟最后一個國家，離境時可申請返還在歐盟購物增值稅。辦理時需出示商店開具的退稅收據，填寫表格，并出示商品備查。如下一目的地仍為歐盟國家，屆時一并辦理。