馬耳他海關采用歐盟統一標準，分為紅色、綠色和藍色通道。有需要申報物品或不確定是否需要申報者，走紅色通道；自非歐盟國家抵馬，無需申報物品者，走綠色通道；自歐盟國家抵馬，無需申報物品者，走藍色通道。不得為他人攜帶物品過關。

自非歐盟國家入境每人可免稅攜帶以下自用物品入境：200支香煙（或任選100支小雪茄、50支雪茄或250克煙草）；1升酒精含量超過22%的烈性酒（或2升酒精含量低于22%的酒精飲料）；4升無泡葡萄酒；16升啤酒（須納增值稅和消費稅）；總價值不超過430歐元的其他物品（含香水、咖啡、茶葉和電子產品等）。

自歐盟國家經停中轉入境者可將在非歐盟區所購自用免稅品或在歐盟區所購物品自由帶入馬耳他，但總量不能超過以下標準：800支香煙（或任選400支小雪茄、200支雪茄或1000克煙草）；10升酒精含量超過22%的烈性酒（或20升酒精含量低于22%的酒精飲料）；90升無泡葡萄酒；110升啤酒（須納增值稅和消費稅）。

未滿17周歲者不得攜帶煙草制品和酒精飲料。

攜帶以下物品入境時必須向海關申報：價值1萬歐元以上的現金或旅行支票（含出境）；超過免稅限量或限額的自用品；用于商業目的的物品；違者將被處以罰款或沒收。

違禁品或限制入境的物品有：動植物、蔬菜、肉制品、管制藥品、淫穢物品、假冒和盜版產品、仿真槍械、毒品、彈藥、爆炸物等。