主要機場為吉布提安博利國際機場，目前運營法國航空（Air France）、埃塞俄比亞航空（Ethiopian Airlines）、也門航空（YEMENIA）、飛翔迪拜（Flydubai）、土耳其航空（Turkish Airlines）、卡塔爾航空（Qatar Airways）和吉布提航空（Air Djibouti）等航班，有國際航線前往法國、土耳其、阿聯酋、卡塔爾、埃塞俄比亞、肯尼亞、索馬里等國家和地區。中國至吉布提未開通直飛航線，從中國前往吉布提一般在法國、埃塞俄比亞、土耳其、迪拜或多哈中轉。

機場往返市區可乘坐私營巴士或出租車。

吉布提首都吉布提市與埃塞俄比亞首都亞的斯亞貝巴有亞吉鐵路相連，2018年1月1日已實現通車。

吉國內交通以公路為主，汽車靠右行駛。重要路口依據交通信號燈行車，紅燈時不能右拐，機動車須禮讓行人，支路車讓主路車，拐彎讓直行，左拐讓右拐，無主次道之分，十字路口原則讓右行，轉盤外讓轉盤內，擁堵路段交替通行。

吉布提市市區路況較好，內陸地區很多路段為沙石路，只有越野車能通行。

吉布提租車較方便。居留半年以上的外國人可以向車管所申請換領當地駕照。中國駕照可換領吉布提駕照，但來吉布提前須在國內辦好駕照翻譯件公認證，并根據當地主管部門要求提供有關材料。

駕車注意事項：在不熟悉情況時，行車宜多避讓；當地出租車司機和私營巴士存在突然停車、不打轉向燈或打反轉向燈的情況，所以行車時務必與其保持一定車距；夜間行車要放慢車速。

吉布提市跟埃塞俄比亞之間由1號公路相通，但此路僅兩車道，部分路段高低起伏，路上多為來往吉-埃的集裝箱貨車和油罐車，車禍多發。在此路上行駛請一定控制車速，謹慎超車。

有渡輪連接吉布提市和塔朱拉地區。

吉布提市內交通主要依靠私營巴士和出租車。外國人極少坐巴士，乘坐出租車對外國人存在宰客現象，請注意事先談好價錢，下車時帶好行李物品。

吉布提市中心道路縱橫交錯，多單行線，但通常無明顯禁行標志，可根據路邊車輛停靠的方向判斷行車方向。

全國共分１個市和5個地區：首都吉布提市(Djibouti-ville)、塔朱拉地區(Région de Tadjourah)、奧博克地區(Région d’Obock)、阿里薩比赫地區(Région d’Ali-Sabieh)、迪基勒地區(Région de Dikhil)和阿爾塔地區(Région d’Arta)。

首都吉布提市是全國政治、經濟、文化中心。