索馬里全國有大小機場62座，其中僅有7座有鋪面跑道。主要機場有：首都摩加迪沙亞丁·阿卜杜勒國際機場（Aden Abdulle International Airport）、索馬里蘭州首府哈爾格薩埃加勒國際機場（Egal International Airport），邦特蘭州博薩索國際機場（Bosaso International Airport）、索馬里蘭州柏培拉機場（Berbera Airport）、邦特蘭州與加爾穆杜格州交界處加爾卡尤阿卜杜拉希·優素福機場（Abdullahi Yusuf Airport），國際航班可達吉布提、伊斯坦布爾、內羅畢、亞的斯亞貝巴、迪拜和多哈等地，國內航班可達各主要城鎮。

索馬里交通以公路為主，無鐵路。索境內連年戰亂，基礎設施建設薄弱，目前公路總里程約為2.2萬公里，其中鋪裝路面僅有約2900公里，且因國內沖突和非政府武裝襲擾，陸路交通不暢，關卡較多。

索馬里擁有非洲大陸最長的海岸線，約3300公里，主要港口有摩加迪沙港、基斯馬尤港、柏培拉港和博薩索港。境內河流較少，只有流經中部的謝貝利河和南部的朱巴河常年有水，其余皆為季節性河流。

摩加迪沙城區街道布局較為整齊，路面硬化率較高，但破損嚴重。無公交系統，僅有私人運營的各式面包車、三輪摩托往返載客，車況差，事故多發。

索馬里蘭州首府哈爾格薩市區路面硬化率為60%左右。因地處山谷地帶，有較多的U形起伏路面。有公交系統，但都比較擁擠；出租車以兩廂小車為主，車況和衛生條件一般。

邦特蘭州首府加洛韋市內交通以出租車為主，道路狀況較好。

摩加迪沙：索馬里首都，歷史古城，地處謝貝利河流域，瀕臨印度洋，熱帶沙漠氣候，預計2023年人口將達到261萬，是全國最大城市和主要港口之一。近年來，因沖突、自然災害導致的國內流離失所者不斷涌入，摩加迪沙已成為非洲人口密度最大的城市之一。

哈爾格薩：索馬里第二大城市，索馬里蘭州首府，位于奧戈高地山谷地帶，海拔約1300米，氣候溫和，預計2023年人口將達到112萬。西北有陸路與吉布提首都吉布提市相通，市內有小型畜產品加工、食品、金屬制品、電力等工業。

基斯馬尤：索馬里南部港市、第三大城市，近朱巴河河口，瀕臨印度洋。

加洛韋：邦特蘭州首府，是連接索中南部和西北部的交通樞紐。擁有較完善供水、供電、通訊等城市基礎設施。熱帶沙漠氣候，以山羊、駱駝畜牧業為主要經濟來源。