巴空運發達，全國有240多個大小機場以及停機坪。首都托庫門國際機場是中美洲最大的機場，有30多家航空公司運營，與美洲各國航空連接便捷。

2018年，中國國航開通北京-休斯敦-巴拿馬城直航班機。受新冠肺炎疫情影響，該航線于2020年2月暫時停飛，復飛時間未定。

機場至市區出租車費約為25至30美元，可與他人共乘并分攤費用。

巴全國有公路11384.41公里，各城市鄉鎮間主要以公共汽車為大眾運輸工具。鐵路部分僅巴拿馬城至科隆城一段通行貨運及旅游列車。市區街道狹窄，多為單行道，重要路段上下班時間塞車情形較嚴重。車輛右行。當地人開車有亂闖紅燈、任意變換車道、不打方向燈等，車禍時有發生。開車須特別小心，尤須注意出租車及公交車輛橫沖直撞。

因運河地利之便，巴成為大西洋與太平洋之間運輸要道，也是中南美洲轉口中心，海運業為國家經濟命脈之一。巴政府亦開始發展郵輪旅游，增進旅游收入。但當地人日常出行較少使用水路交通。

公交車車次少，服務質量一般，車上扒手較多，搭乘需留心財物。巴城有一條地鐵線，市區有出租車，但車況不佳，無計價器，需事先談妥價格，時有亂收費、亂停車現象。偶有出租車司機載客至郊外搶劫甚至劫殺，建議只在市中心搭乘。此外，巴拿馬城有網約車UBER服務。

一、巴拿馬城。巴拿馬首都，全國第一大城市，也是巴拿馬省省會。

二、科隆市。巴拿馬第二大城市，科隆省省會，科隆自由貿易區所在地。

三、大衛市。農業大省奇里基省省會，巴拿馬西部最大城市。

四、圣地亞哥市。委拉瓜斯省省會，中部最大城市。